È  un' antica struttura fortificata eretta alla sommità della cresta ovest, rivolta verso il canale di Corsica. Fu edificata in epoca duecentesca dai Pisani, quando l’isola e gran parte dell’arcipelago erano sotto il loro controllo.

La Torre era l’unico luogo di difesa, soprattutto in caso di tentativi di incursioni barbariche e piratesche.

Nel Corso dei secoli la Torre ha subito diverse modifiche e restauri. Poiché a causa della posizione elevata ed esposta era un facile bersaglio alle bufere, ai venti impetuosi e ai fulmini.

La struttura fortificata venne edificata nella seconda metà del Seicento dai Medici, per migliorare il sistema difensivo dell'isola. Le funzioni della struttura erano principalmente quelle di avvistamento e di efficaci funzioni difensive in caso di avvicinamento di imbarcazioni. Il 13 luglio del 1783, durante una tempesta, un fulmine colpì la polveriera al servizio della batteria di cannoni, che in quel momento conteneva non meno di 2780 libbre di polvere da sparo (quasi 1 tonnellata). L'esplosione che ne seguì devastò parte della torre stessa e delle costruzioni annesse, causando morti e feriti tra il personale militare. Gli stessi cannoni furono scaraventati a molti metri di distanza, tra cui uno di bronzo che fu spezzato in due parti. La potenza della deflagrazione fu tale che il rumore fu percepito anche a Livorno, dove fu inizialmente scambiato per una scossa di terremoto.

Dismessa in epoca ottocentesca, la struttura andò incontro ad un rapido ed inesorabile degrado nel corso degli anni. Tuttavia, una serie di restauri condotti alla fine del secolo scorso hanno permesso di recuperare il complesso architettonico riportandolo agli antichi splendori. 

Già nel 416 Gorgona fu sede di monaci eremiti e piccole comunità monastiche. La chiesa fu ricostruita nel 1723 per sostituire l’antica chiesa distrutta nel XV secolo. Accanto alla nuova chiesa moderna restano ancora tracce delle mura e della pavimentazione della vecchia chiesa edificata intorno al V secolo da monaci eremiti.